目前共有醫學院、牙醫學院、藥學院、中醫學院、公共衛生學院、健康照護學院、生命科學院、人文與科技學院及醫學工程學院等九大學院，包含23個學士班、34個碩士班、20個博士班及台中附設醫院、北港附設醫院、新竹附設醫院、兒童醫院及台南市立安南醫院(委託中國醫藥大學興建經營)等教學研究與醫療單位。各項研究及醫療設備完善，其中約有70% 的系所與中、西醫藥學相關，提供全國最完整具中、西醫藥學整合特色之課程，培育具中西醫藥學結合特色的醫、護、藥、技術專業人才，發展最具中醫藥特色的三大領域，包括中藥資源之開發、中藥保健食品與抗病藥物之研發，及中醫(含針灸學)之理論與應用。歷經近半世紀的深耕，本校已發展成為全國甚至全世界最具 中、西醫藥學整合特色之優秀高等教育學府，並逐漸落實中醫藥科學化、現代化和國際化，以及開創中、西醫結合的新興醫學。