水產試驗所係唯一隸屬政府的漁業試驗研究與技術推廣機構，創立於1929年，前身為臺灣總督府水產試驗場，光復後歷經數次改組，1999年改隸行政院農業委員會，因應政府組織改造於2023年8月1日更名為「農業部水產試驗所」。目前總所位於基隆，除行政單位外，設有技術服務、海洋漁業、水產養殖及水產加工等四個組。另在全國各地設有淡水養殖研究中心、海水養殖研究中心、沿近海漁業生物研究中心、東港養殖研究中心、東部漁業生物研究中心及澎湖漁業生物研究中心等六個派出單位，擁有水試一號、水試二號及海安號等三艘試驗船，並分別在彰化鹿港、澎湖青灣與臺東知本建有水產生物種原庫以及於臺南七股興建了我國首座基因改造水產生物田間隔離試驗設施。