彩色甜椒選種用果色性狀分子標誌技術，包含2種分子標誌分別為：(一)序列特徵增幅區域標誌 (sequence characterized amplified region簡稱 SCAR marker)；(二)切割增幅多型性序列標誌 (cleaved amplified polymorphic sequences 簡稱 CAPS marker)。本技術可提供彩色甜椒育種親本的果色基因型分析，或作為特定果色的彩椒選種之用。本技術應用於幼苗期檢定，可節省果色選種的人、物力成本；另有助於特定果色的彩椒種原之探勘，可促成新品種彩椒之育成。